بعد از بروز موارد نفوذ در برخی پرونده‌های قضایی، که دو نفر از فرزندان معاون اول قوه قضاییه در آنها متهم هستند، محسنی اژه‌ای بر تحقیق دقیق، قاطع و جامع در این پرونده‌ها و رسیدن به نتیجه نهایی و صدور حکم قانونی تأکید کرد.