معضل نخست شرکت‌های دانش‌بنیان، بیمه و چالش‌های مربوط به ارتباط شرکت‌ها با سازمان تامین‌اجتماعی است که ریشه این چالش‌ها به پیچیدگی قوانین و بخشنامه‌های این سازمان همچنین به برداشت‌های سلیقه‌ای کارکنان آن بر می‌گردد. معاونت علمی به‌منظور حل چالش‌های شرکت‌های دانش‌بنیان با سازمان تامین‌اجتماعی تعاملات سازنده‌ای دارد.