برداشتهای بیرویه و غیرقانونی در بالادست، کاهش آب ورودی، تغییر اقلیم و خشکسالی و تامین نشدن حقابههای طبیعی ازجمله چالشهایی عنوان میشود که حیات این تالاب را به خطر انداخته و به گفته مسوولان و کارشناسان محیط زیست، ادامه این روند میتواند تالاب گاوخونی را به بیابان تبدیل کند.
