استفاده از ضد عفونی کننده الکلی مضراتی بر محیط زیست نیز دارد و طبق مطالعات نشان داده که استفاده مکرر از این مواد بر پایه الکل نیز به افزایش عوامل بیماری زا کمک می کند زیرا میکروبها در برابر این مواد به تدریج مقاوم می شوند.